以民营企业为主，企业规模偏小
东莞物流企业以本地民营物流企业为主，占物流企业总数的60%以上，本地国有、集体物流企业比较少。广州、深圳等地的物流企业及中远、中外运等中央直属大企业通过在东莞设立办事处、营业部等分支机构扩展业务，占据相当大的市场份额。近年东莞物流企业数量大幅增长，但企业规模普遍偏小，注册资本在千万元以上的只有南方物流、宏业货柜码头等不到10家企业。东莞物流企业平均职工人数、平均资产总额、平均主营业务收入等反映企业规模的指标值均低于广州、佛山、惠州等珠三角城市，甚至低于全省平均水平。大部分企业不注重加大投资，扩大企业规模，缺乏做大做强的决心和能力。

以传统服务为主，物流增值服务少
近年东莞物流企业服务品种正逐步增多，但目前东莞物流企业的服务内容仍以运输、仓储、搬运等传统服务为主，服务档次和水平较低，物流增值服务少。在东莞登记的近2000家物流企业中，运输货运企业就占物流企业总数的百分之87％。现代物流的功能是设计、执行以及管理客户供应链中的物流需求，其特点是依据信息和物流专业知识，以最低的成本提供客户需要的物流管理和服务。由于缺乏人才及开展相关业务的管理能力，东莞能提供整体物流方案设计、库存管理、物流成本控制、全程跟踪反馈、产品退货管理等高层次物流增值服务只有南方物流、南信物流等少数几家企业。

物流管理和技术水平较低
目前东莞物流企业经营管理水平都比较低，多数从事物流服务的企业缺乏必要的服务规范和内部管理规程，经营管理粗放，很难提供规范化的物流服务。大多数物流企业在物流设施设备上投入不足, 不注重技术改造和物流设备升级，现代物流技术应用缓慢。在仓储、运输、配送各个环节仍以手工作业为主，信息化程度低，难以及时高效地调度和配置资源，使货物仓储、货物运输、货物配送无效作业环节的增加，物流速度的降低和物流成本的上升，造成物流环节上的浪费和管理成本的加大。
由于大多物流服务商仍局限在低利润的物流业务上，加上技术和管理水平不高，东莞物流业整体效益不佳，企业平均利润总额、年人均业务收入、年人均利润等反映企业经营效率及效益的指标值均低于广州等物流发达城市,甚至低于全省平均水平。就目前的发展状况而言，东莞物流企业与真正意义上的第三方物流仍有相当长的距离，整体素质比较低，综合性物流公司很少，产业竞争力不强。东莞物流业企业数量、从业人数、资产总额、业务收入、利润总额等只占全省总量的1.05％－5.7％，与东莞占全国7％的进出口贸易额及大部分经济指标居全省前列的经济贸易发展水平严重不符。现代物流服务的功能没有得到很好的发挥，也没对东莞产业升级起到应有的支援服务作用。

东莞公路物流配套基地、园区建设严重不足、发展滞后
公路物流是目前东莞最主要的物流方式。无论内贸还是外贸，都主要依靠公路运输实现。基于“外源外向、大进大出”的产业特点，东莞进出口货物量非常大，外贸物流在东莞物流总量占有重要比例。东莞的外贸物流体系以公路为主，107国道、256省道、357省道、广深高速、莞深高速等通往深圳、香港的公路，是东莞进出口货物的主要物流通道。